1、明顯的區別是鰻魚有鰓蓋和一對胸鰭；水蛇沒有鰓蓋也沒有胸鰭。

2、鰻魚有背鰭、腹鰭和尾鰭并且尾部是扁平的；水蛇多數尾部是圓錐形的，個別種類的水蛇尾部是扁平的但是沒有鰭。

3、水蛇全身布滿鱗片沒有粘液；鰻魚無鱗但是全是布滿粘液。

4、水蛇有舌頭（嗅覺器官經常伸出來）；鰻魚沒有舌頭。

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